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《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法〉的公告》(國家稅務總局公告2012年第57號)第五條第(四)項規定，當年撤銷的二級分支機構，自辦理注銷稅務登記之日所屬企業所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業所得稅。
第十五條規定，總機構應按照上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例;三級及以下分支機構，其營業收入、職工薪酬和資產總額統一計入二級分支機構;三因素的權重依次為0.35、0.35、0.30。
計算公式如下：
某分支機構分攤比例=(該分支機構營業收入/各分支機構營業收入之和)×0.35+(該分支機構職工薪酬/各分支機構職工薪酬之和)×0.35+(該分支機構資產總額/各分支機構資產總額之和)×0.30
分支機構分攤比例按上述方法一經確定后，除出現本辦法第五條第(四)項和第十六條第二、三款情形外，當年不作調整。
根據上述規定，匯總納稅企業當年發生二級分支機構注銷情形的，應自分支機構辦理注銷稅務登記之日所屬企業所得稅預繳期間起，重新計算各分支機構分攤比例，總機構預繳比例不變。
如某匯總納稅企業經總機構所在地主管稅務機關核算，企業所得稅分季預繳。某分支機構5月1日注銷，該分支機構二季度不再就地預繳企業所得稅，總機構應重新計算各分支機構預繳比例。
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