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按以下方法處理：
(1)專用發票已交付購買方的，購買方可在增值稅發票系統升級版中填開并上傳《開具紅字增值稅專用發票信息表》或《開具紅字貨物運輸業增值稅專用發票信息表》(以下統稱《信息表》)。《信息表》所對應的藍字專用發票應經稅務機關認證(所購貨物或服務不屬于增值稅扣稅項目范圍的除外)。經認證結果為“認證相符”并且已經抵扣增值稅進項稅額的，購買方在填開《信息表》時不填寫相對應的藍字專用發票信息，應暫依《信息表》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出;未抵扣增值稅進項稅額的可列入當期進項稅額，待取得銷售方開具的紅字專用發票后，與《信息表》一并作為記賬憑證;經認證結果為“無法認證”、“納稅人識別號認證不符”、“專用發票代碼、號碼認證不符”，以及所購貨物或服務不屬于增值稅扣稅項目范圍的，購買方不列入進項稅額，不作進項稅額轉出，填開《信息表》時應填寫相對應的藍字專用發票信息。
專用發票尚未交付購買方或者購買方拒收的，銷售方應于專用發票認證期限內在增值稅發票系統升級版中填開并上傳《信息表》。
(2)主管稅務機關通過網絡接收納稅人上傳的《信息表》，系統自動校驗通過后，生成帶有“紅字發票信息表編號”的《信息表》，并將信息同步至納稅人端系統中。
(3)銷售方憑稅務機關系統校驗通過的《信息表》開具紅字專用發票，在增值稅發票系統升級版中以銷項負數開具。
(4)納稅人也可憑《信息表》電子信息或紙質資料到稅務機關對《信息表》內容進行系統校驗。
(5)已使用增值稅稅控系統的一般納稅人，在納入升級版之前暫可繼續使用《開具紅字增值稅專用發票申請單》。
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