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一、在主體法律地位上的區別
根據《中華人民共和國公司法》(中華人民共和國主席令第42號)第十四條規定：“公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。”
“公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。”
由此可見，在主體法律地位上它們是完全不同的：
1、子公司在法律上是一個獨立的法人，依法獨立承擔民事責任，即：以自己的名義進行各類民事經濟活動;獨立承擔公司行為所帶來的一切后果與責任。
2、分公司在法律上不是一個獨立的法人，不具有獨立承擔民事責任的資格，也就是說它在法律上是從屬于總公司的一個分支機構，不是獨立的個體。
二、在關聯關系上的區別
1、子公司：
母公司與子公司之間一般表現的是股份的控制與被控制關系，也許是全資控制，也許是最大股東的控制。子公司在經濟和決策上受母公司的支配與控制，但在法律上，子公司是獨立的法人。
子公司擁有獨立的名稱和公司章程;具有獨立的組織機構;擁有獨立的財產。
子公司實行獨立核算、自負盈虧。
2、分公司：
總公司與分公司之間一般表現為是總機構與分機構的關系，具有從屬的特性。分公司在本質上就是總公司的一個安置在異地的派出機構。
分公司一般都不是完全獨立核算單位，盈虧只是一種業績考核。
子公司可以成立分公司，但分公司不可能擁有子公司。
三、在稅務處理上的區別
(一)子公司的處理
子公司是作為獨立法人，實行獨立核算并獨立申報納稅，是完全獨立的納稅人，承擔全面的納稅義務。
(二)分公司的處理
分公司作為分支機構的一種，適用總分機構的相關政策。
總機構和分支機構應依法辦理稅務登記，接受所在地主管稅務機關的監督和管理。
1、企業所得稅方面
(1)根據《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法〉的公告》(國家稅務總局公告2012年第57號)(以下簡稱“稅總 2012年57號公告”)規定，居民企業在中國境內跨地區(指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同)設立不具有法人資格分支機構的，該居民企業為跨地區經營匯總納稅企業(以下簡稱匯總納稅企業)。 匯總納稅企業實行“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業所得稅征收管理辦法。
匯總納稅企業按照《企業所得稅法》規定匯總計算的企業所得稅，包括預繳稅款和匯算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤，各分支機構根據分攤稅款就地辦理繳庫或退庫;50%由總機構分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。
(2)對于以總機構名義進行生產經營的非法人分支機構，無法提供匯總納稅企業分支機構所得稅分配表，也無法提供“稅總2012年57號公告”第二十三條規定的相關證據證明其二級及以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算并就地繳納企業所得稅。
(3)根據《浙江省國家稅務局浙江省地方稅務局關于省內跨市、縣經營匯總納稅企業所得稅征管問題的公告》(浙江省國家稅務局浙江省地方稅務局公告2013年第3號)規定，浙江省內匯總納稅企業所得稅計算、預繳、匯算清繳管理參照“稅總2012年57號公告”執行。
因此，對于分公司的企業所得稅管理：符合規定條件的匯總納稅的分公司，實行“就地預繳、匯總清算”;無法提供匯總納稅企業分支機構所得稅分配表，又無法證明分支機構的，按照獨立納稅人就地繳納企業所得稅;分公司實行獨立核算、不匯總納稅的，按照獨立納稅人就地繳納企業所得稅。
對于列名企業的下屬二級分支機構均應按照企業所得稅的有關規定向當地主管稅務機關報送企業所得稅預繳申報表或其他相關資料，但其稅款由總機構統一匯總計算后向總機構所在地主管稅務機關繳納。如：《國家稅務總局關于中國工商銀行股份有限公司等企業企業所得稅有關征管問題的通知》(國稅函 [2010]184號)的列名企業。
2、增值稅方面
1、分公司(屬于分支機構的組成部分，為便于與文件對接，以下統稱分支機構)銷售貨物、提供加工修理修配勞務的增值稅的納稅地點
根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第二十二條規定，固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同一縣(市)的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅。因此，分支機構的增值稅一般情況下就地申報納稅。
但是，該條同時規定，經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。
《財政部、國家稅務總局關于固定業戶總分支機構增值稅匯總納稅有關政策的通知》(財稅[2012]9號)對上述規定進一步明確：固定業戶的總分支機構不在同一縣(市)，但在同一省(區、市)范圍內的，經省(區、市)財政廳(局)、國家稅務局審批同意，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報繳納增值稅。省(區、市)財政廳(局)、國家稅務局應將審批同意的結果，上報財政部、國家稅務總局備案。
在實際工作中，增值稅由總機構統一匯總核算、統一申報繳納的主要是連鎖經營企業。如：《浙江省國家稅務局關于連鎖經營企業增值稅匯總納稅有關問題的通知》(浙國稅流[2005]76號)第三條規定，“經批準匯總繳納增值稅的連鎖經營企業總店應按統一核算的當月應繳增值稅總額向所在地主管國稅機關申報納稅，即總店應納增值稅=所有總、門店銷項稅額-所有總、門店進項稅額;門店應納增值稅為零。”因此，增值稅匯總繳納需要總機構統一核算，分支機構獨立核算的不能匯總繳納。
(2)統一核算的總分機構之間的貨物移送作視同銷售的特殊規定
先將相關規定歸集：
①《增值稅暫行條例實施細則》第4條視同銷售貨物行為的第(3)項：設有兩個以上機構并實行統一核算的納稅人，將貨物從一個機構移送其他機構用于銷售，但相關機構設在同一縣(市)的除外。
②《國家稅務總局關于企業所屬機構間移送貨物征收增值稅問題的通知》(國稅發[1998]137號)規定，《實施細則》第4條視同銷售貨物行為的第 (3)項所稱的用于銷售，是指受貨機構發生以下情形之一的經營行為：向購貨方開具發票;向購貨方收取貨款。受貨機構的貨物移送行為有上述兩項情形之一的，應當向所在地稅務機關繳納增值稅;未發生上述兩項情形的，則應由總機構統一繳納增值稅。如果受貨機構只就部分貨物向購買方開具發票或收取貨款，則應當區別不同情況計算并分別向總機構所在地或分支機構所在地繳納稅款。
③《國家稅務總局關于納稅人以資金結算網絡方式收取貨款增值稅納稅地點問題的通知》(國稅函[2002]802號)規定，納稅人以總機構的名義在各地開立賬戶，通過資金結算網絡在各地向購貨方收取銷貨款，由總機構直接向購貨方開具發票的行為，不具備《國家稅務總局關于企業所屬機構間移送貨物征收增值稅問題的通知》(國稅發[1998]137號)規定的受貨機構向購貨方開具發票、向購貨方收取貨款兩種情形之一，其取得的應稅收入應當在總機構所在地繳納增值稅。
一開始看實行統一核算納稅人的機構之間貨物移送視同銷售處理上述三個文件很難理解，感覺好饒口舌，慢慢思考后悟出了道道：
實行統一核算納稅人的總分機構之間，總機構將貨物移送到分支機構，如果分支機構將移送到的貨物對外銷售時使用分支機構當地的發票向購貨方開具發票或者向購貨方收取貨款，只要滿足這兩個條件之一的，這部分貨物銷售的增值稅需要在分支機構所在地繳納稅款。總機構在貨物移送時就需要視同銷售，開具專用發票給分支機構抵扣。但如果總機構統一收款、統一開票，這部分貨物銷售應當在總機構所在地繳納增值稅。
(3)營改增(即應稅服務)納稅人總機構匯總繳納增值稅規定
根據《財政部 國家稅務總局關于重新印發〈總分機構試點納稅人增值稅計算繳納暫行辦法〉的通知》(財稅[2013]74號)規定，經財政部和國家稅務總局批準的總機構試點納稅人及其分支機構，可以按該辦法匯總計算申報繳納增值稅。
營改增納稅人總、分支機構匯總申報繳納增值稅時，僅對應稅服務項目進行匯總，總、分支機構銷售貨物、提供加工修理修配勞務，按照增值稅暫行條例及相關規定就地申報繳納增值稅。
總機構將總分機構應稅服務業務的應交增值稅進行匯總,抵減各分支機構對應應稅服務業務已繳納的增值稅稅款后，在總機構所在地申報繳納增值稅。
各分支機構發生應稅服務業務，按照應征增值稅銷售額和預征率計算繳納增值稅。計算公式如下：
應預繳的增值稅=應征增值稅銷售額×預征率
預征率由財政部和國家稅務總局規定，并適時予以調整。
總之，子公司是獨立的納稅人，完整的納稅主體。分公司是從屬于總公司的，一般情況下，在增值稅上按照屬地原則作為獨立納稅人就地獨立申報納稅，但經審核確認，符合條件的也可以匯總繳納，其中營改增應稅服務部分需要按預征率預繳;在所得稅上，獨立核算的作為獨立納稅人就地獨立申報納稅，統一核算的實行 “統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業所得稅征收管理辦法。
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